所属专题：[比对](README.md)
 
## 问题
给定两个长度相等的字符串`$ s $`和`$ t $`，它们之间的汉明距离（Hamming distance），是`$ s $`和`$ t $`对应位置上的字符不相同的个数，用`$ d_H(s,t) $`表示。见下图：（图片来源：[ROSALIND](http://rosalind.info/media/problems/hamm/)）
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<div align="center"><img src="http://rosalind.info/media/problems/hamm/Hamming_distance.png"></div>
<div align="center">图中所示的两条序列间的汉明距离为7. 不匹配的字符用红色标示。</div>
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**输入：** 两个长度相等的DNA序列`$ s $`与`$ t $`（长度不超过1 kb）。
**输出：** 它们的汉明距离`$ d_H(s,t) $`.
**样例数据：**
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GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
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**样例输出：**
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7
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## 背景知识
该问题涉及“汉明距离”（Hamming distance）概念的理解与计算，它是衡量两个等长序列相似度的指标，也是适用范围更广的“编辑距离”（Editing distance）的特例。详情请查阅ROSALIND网站上[关于该问题的背景说明](http://rosalind.info/problems/hamm/)。
 
## 解答
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def hamming_dist(s1, s2):
"""计算两个等长序列s1, s2的汉明距离；若序列不等长，返回异常值-1"""
if len(s1)!=len(s2):
return -1
else:
dh = 0
for i in range(len(s1)):
if s1[i]!=s2[i]:
dh += 1
return dh
## --main--
with open("rosalind_hamm.txt", 'r') as f1:
dna_seqs = f1.readlines()
for i in range(len(dna_seqs)):
dna_seqs[i] = dna_seqs[i].strip()
result = hamming_dist(dna_seqs[0], dna_seqs[1])
with open("rosalind_hamm_out.txt", 'w') as f2:
if result==-1:
f2.write("Error: The two given strings are in different length! No Hamming distance!")
else:
f2.write(str(result))
```
