大部分湖（西部和南部）属于马拉维，东部到坦桑尼亚，东部海岸相对较大的一部分在莫桑比克管辖。 两个重要的岛屿Likoma和Chizumulu位于莫桑比克水域，但属于马拉维。 Taiwanee Reef是位于Chizumulu岛北部约7公里处的岩礁，以前称为台湾礁，也位于莫桑比克水域，尽管只有马拉维渔民在那里铺网。 　　湖泊在热带中的位置防止地表水变得比深层更冷，从而防止水的任何广泛的垂直循环，虽然有一些。 只有水柱的上部200米充分氧化以支持除了在下面的缺氧（并且稍冷）层中存在的厌氧微生物之外的生活。 在从6月到8月的干旱季节期间最常见的东南风（mwera） - 引起湖中最南部地区稍微较冷层的上升流，将该地区的表面温度降低到20℃。 在雨季（11月至4月），保护区的温度可能升至30°C以上。 然而，平均表面温度为23至28℃。 　　<center></center> 　　<center></center> 　　水的化学成分在整个湖是相当均匀的。 其pH值在7.8和8.5之间变化。这两个值之间的差异主要是由于二氧化碳（CO 2）在水中的含量。 在冲浪区域，气体交换批发呢，有利于减少CO 2含量，使得pH高于在掩蔽的海湾或更深层水中的pH值。 电导率，矿物质含量的测量，在200和260微西门子之间，与东非裂谷的其他湖泊相比相对较低。 　　<center></center> 　　温度和降水的季节性变化同时伴随着水下可见度的变化：这可能从2月的炎热天气中的无可见度（小于1厘米）到10月无风日的20多米。具有岩石底部的区域比具有泥浆基底的区域拥有更清洁的水，但是一般来说藻类绽放是近海水域混浊的主要原因。在雨季期间，来自临时河流的沉积物使得在离岸几公里处的能见度降低到零。 　　足够的雨水量可能导致湖水平在一个月内升高超过一米（例如，2003年1月）并在雨季（5月）结束时，可能比干燥（和大风）季节（11月）结束时高两米，因为从湖的唯一出口是在南部的希拉河 。除了这一年的波动，在更长的时间，水位发生了明显变化。 在1980年8月达到最高记录的水位后，随后几年水位下降了几米。 　　<center></center> 　　<center></center> 　　现在认为马拉维湖的形成始于约860万年前，深水环境最早在450万年前开发（Delvaux 1995）。在随后的历史中，湖水位下急剧下降好几次。湖泊几乎完全干涸了在1.0到160万年前，第二次大幅下降的发生250至42万年前（德尔沃1995）。 　　<center>  </center> 　　在其历史上，沉积物已经积累在湖底，已经发现在过去145,000年中积累了约90米深的一层沉积物。现在的沉积层总共有四公里的深度！通过分析从湖最深部分获得的沉积物核心，Scholz等（2011）和Lyons等（2011）发现，在95到11万年前，马拉维湖在当前水平之下大约550米以下！他们估计当时的湖泊体积小于当前值的3％，表面积小于当前值的11％！ Lyons等人（2015）最近的研究表明，在过去130万年中，湖泊水位已经下降了200米或至少24次！ 最后一个主要低位（在当前水平之下100米）发生在大约18,000年前的最后一次冰期。 　　<center> </center> 　　这些低台站足够长，留下痕迹的古海岸线，可以通过回声在整个湖上探测到。较小的古湖仍然是一个单一的湖泊，不分成几个湖泊，就像坦噶尼喀湖那样。 　　普遍认为，低水位时期是由于热，干燥的气候造成。 湖水中的这种剧烈波动无疑会在以不同形式栖息于古湖的丽鱼科鱼之间的物种形成（和灭绝）的连续波中反映出来（Gemter＆Turner 2014）。 　　Genner等人（2007c）给出了马拉维丽鱼的年龄的两种不同的估计，一种基于假定的慈鲷家族的Gondwana起源，在我看来是最不可能的，和另一种基于慈鲷科鱼化石。通过后者基于化石推算，Malavi haplochromini的年龄估计为2.4-340万年，非mbuna为0.5-120万年和mbuna为600,000-400,000年。 　　<center> </center> 　　在这本书中，提到了800多种物种，其中600种仅从相对浅的水中知道（大多数慈鲷沿着岸边生活，而相对较少的物种远离岸边）。据认为，至少另外100-200种可能等待在湖的更深层发现。据认为今天存在的多达一千种物种的总数可能只是在某一时刻住在湖中的物种的一小部分。Won等人（2005）估计Tropheops物种中的T.tropheops，T.sp. 'gracilior nankumba'和T.sp.'broad mout'的食性在过去的17,000年间开始各自演化-这恰好与在最后的冰河时代的低湖立场吻合。如果能够以这种速度生产新物种，比如每个物种10,000年，那么250个种类的mbuna湖将意味着一个新的物种在湖中平均40年！由于mbuna的最大年龄估计在大约60万年，这可能意味着大约15,000种mbuna已经存在！ 　　<center> </center> 　　湖的海岸线分为三种主要类型。大约三分之一是岩石，而大多数剩余部分由沙滩组成。第三种类型的沼泽地带有芦苇 - 发现在河口附近。大多数慈鲷出现在特定的栖息地，虽然没有完全禁止其选择喜欢的环境，到目前为止大多数是这样的。由于交替的陡峭的岩石海岸、平缓沙地或沼泽海岸形成了潜在的地理隔离，也是慈鲷的形态和分布的重要因素。此外，虽然大多数富裕水道是临时性的，只在雨季期间带来雨水，一些较大的、 永久性的河流已经并仍然对岩石区栖息慈鲷的分布产生影响。这些河流往往形成相邻但形态不同种群之间的边界。将湖划分为栖息地提供了一种方便的方式来讨论它所拥有大量物种。这种划分至少部分是人为的，因为许多物种在栖息地之间移动。在这种情况下，相关物种只能在最可能遇到的栖息地进行讨论。 　　<center></center> 　　已认可的栖息地如下所示： 　　1. 波浪冲洗的上部岩石栖息地。 岩石栖息地的上部三到五米，包括露出水面的岩石，小岛屿和陡峭的岩石海岸，通常的特点是清洁但湍急的水域。该区域总是具有不含沉积物的基质，并且覆盖硬质基质的藻类垫（称为aufwuchs或biocover）含有许多固定的藻类链。 　　<center></center> 　　2. 无沉积物的岩石栖息地。** 该区域通常位于陡峭的斜坡岸边，并且通常由大量的慈鲷群组成。岩石的尺寸可以从足球尺寸到直径几十米巨大的巨石那么大，其中后者比前者提供的化石要少。岩石创造许多洞穴和裂缝被小的慈鲷用作产卵地点。 该地域拥有丰富的食物，竞争主要是为了争夺领土。 　　<center></center> 　　3. 深，沉积丰富的岩石栖息地。岩石栖息地的富含沉积物和深部区域中的慈鲷的种群密度比上部区域低得多。可能是因为可用的食物的比较少：大多数岩石栖息的慈鲷依赖于与藻类相关的食物，藻类生长又依赖于较强光强度。 此外，沉积物也可能阻碍藻类生长。 　　<center></center> 　　4. 中间栖息地（砂和岩石）。该栖息地代表纯的岩石栖息地和沙质（或泥质）湖底之间的过渡带，包括岩石和沙子的区域。 这种类型的栖息地可能出现在深水层，与浅水中的类似区域相比，其中包含完全不同的慈鲷群落（作为单独的栖息地处理 - 见下文）。 中间栖息地拥有湖中最物种丰富的群落，但不一定是最密集的。 　　<center></center> 　　5. 浅中间栖息地。 在许多地方，岩石海岸离海岸线20至50米之外，其边缘是由沙子和岩石组成的一个浅的，缓慢倾斜的架子，最终以一个较陡峭的角度离开。一些物种被限制在这个栖息地， 但也有许多其他的物种在那里被发现。 这个栖息地通常是潜水员观察慈鲷的最佳地方。 　　6. 水生植物的保护的海湾。这个栖息地的特点是浑水和淤泥覆盖在底部的沙子和岩石上，以及在湖中发现的少数高等植物种中最常见的Vallisneria spiralis床。这些植被床可以在深达6米处找到，并为几种慈雕提供和食物。 富含沉积物的底物为许多有机体提供充足的营养，这些有机体又由慈鲷消耗。 　　<center></center> 　　7. 沙地栖息地。超过一半的湖岸线由纯砂的延伸、沼泽和岩石海岸交替构成。这种开放的群落生境不能为小慈雕提供有效的掩护，因此大多数发现在大群或浅滩。(This open biotope offers little or no cover for small cichlids and hence most are found in large groups or shoals.)岩石或树干（由洪水冲刷）为几种群集繁殖的慈鲷提供了参考点，并且较小的物种可能在那里找到栖息地。空蜗牛壳对某些物种也有类似的作用。 　　8. 未知的深度。** 湖的深处，近海水域还没有被潜水员（或遥控摄像机）到访，但是其拥有大量可以使用“钩”和“线以”及“深chirimila网”捕获的慈雕种类。 由于缺乏水下观测，不能得到关于底部结构的相关信息，其大部分居民是否保持靠近底物或居住在远远高于底部的水柱中不得而知。然而，大量物种与底部接触的可能性不大。