## 基本散点图展示
### 应用场景
eg: 依据设定的方向展示某种特征数值的变化趋势。比如说:基因的表达随患者年龄的变化趋势,基因的表达随肿瘤大小的变化趋势等等
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074231.png)
### 利用plot创建line plot
```R
load('./cli_test.Rdata')$rt_cli
# rt_cli如上图所示
x <- c(1:57) #创造一个于TP53有相同长度的数值向量
y <- rt_cli$TP53[order(rt_cli$TP53)] #将TP53的表达值从大到小排序
plot(x, y, type = "S")
```
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-74232.png)
```R
# type 改变线的类型
# xlab和ylab 添加x和y的标签
# cex.lab, cex.axis改变字体大小
plot(x, y, type = "b", pch = 19, cex.lab = 2, cex.axis=2,
col = "red", xlab = "virtual", ylab = "TP53")
```
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074233.png)
### 利用ggplot2创建line plot
```R
library(ggplot2)
data <- data.frame(cbind(x, y), stringsAsFactors = FALSE) #准备一个ggplot2所需要的数据格式
colnames(data) <- c('virtual', 'TP53')
ggplot(data = data, aes(x = virtual, y = TP53)) +
geom_line()
```
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074235.png)
```R
# theme_classic() 主题类型
# color 改变line的颜色
ggplot(data = data, aes(x = virtual, y = TP53)) +
geom_line(color = "blue") + theme_classic()
```
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074236.png)
- 智汇医圈
- 第一章 前言
- 1.1 简介
- 1.2 制作该教程的目的
- 1.3 学习该教程需要掌握的基础知识
- 1.4 该教程适用人群
- 第二章 散点图(scatter plot)
- 2.1 基本的散点图
- 2.2 3D 散点图
- 第三章 线图(line plot)
- 3.1 基本的线图
- 第四章 箱型图(boxplot)
- 4.1 基本的箱型图
- 4.2 图形参数调整
- 4.3 多分组箱型图
- 4.4 小提琴图
- 第五章 密度图(density plot)
- 5.1 基本的密度图
- 第六章 热图(Heatmap)
- 6.1 基本的热图
- 6.2 ggplot2 heatmap
- 6.3 相关性热图
- 第七章 主成分分析(PCA)
- 7.1 2D PCA
- 7.2 3D PCA
- 第八章 ROC 曲线
- 8.1 基本的 ROC 曲线
- 第九章 生存分析(KM plot)
- 9.1 基本的生存分析
- 第十章 KEGG 和 GO 分析
- 10.1 KEGG 分析
- 10.2 GO 分析
- 第十一章 Circular plot
- 11.1 基本的 Circular plot
- 附录 下载数据