## 基本散点图展示
### 应用场景
可以展示数据分布特征,比如说:我们可以看看数据样本中患者年龄分布情况,也可以分组看看不同组别患者年龄分布趋势。
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074255.png)
### 利用ggplot2创建density plot
```R
load("./cli_test.Rdata")
# rt_cli数据形式如上图
library(ggplot2)
ggplot(rt_cli, aes(age)) +
geom_density(color= "#E69F00", alpha=0.4)
# scale_color_manual设置线条颜色
ggplot(rt_cli, aes(age, colour = stage)) +
geom_density() +
scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#FF6666"))
# alpha 改变填充颜色深度
ggplot(rt_cli, aes(age, colour = stage, fill = stage)) +
geom_density(alpha=0.4) +
scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#FF6666"))
### 计算每个stage age的均值
library(plyr)
age_mm <- ddply(rt_cli, "stage", summarise, grp.mean=mean(age))
### 利用geom_vline添加均值值所在的位置
ggplot(rt_cli, aes(age, colour = stage, fill = stage)) +
geom_density(alpha=0.4) +
geom_vline(data = age_mm, aes(xintercept = grp.mean, color = stage),
linetype="dashed") +
scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#FF6666")) +
theme_classic()
```
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-74256.png)![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074256.png)
![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074257.png)![scatter plot](http://kancloud.nordata.cn/2018-12-30-074258.png)
- 智汇医圈
- 第一章 前言
- 1.1 简介
- 1.2 制作该教程的目的
- 1.3 学习该教程需要掌握的基础知识
- 1.4 该教程适用人群
- 第二章 散点图(scatter plot)
- 2.1 基本的散点图
- 2.2 3D 散点图
- 第三章 线图(line plot)
- 3.1 基本的线图
- 第四章 箱型图(boxplot)
- 4.1 基本的箱型图
- 4.2 图形参数调整
- 4.3 多分组箱型图
- 4.4 小提琴图
- 第五章 密度图(density plot)
- 5.1 基本的密度图
- 第六章 热图(Heatmap)
- 6.1 基本的热图
- 6.2 ggplot2 heatmap
- 6.3 相关性热图
- 第七章 主成分分析(PCA)
- 7.1 2D PCA
- 7.2 3D PCA
- 第八章 ROC 曲线
- 8.1 基本的 ROC 曲线
- 第九章 生存分析(KM plot)
- 9.1 基本的生存分析
- 第十章 KEGG 和 GO 分析
- 10.1 KEGG 分析
- 10.2 GO 分析
- 第十一章 Circular plot
- 11.1 基本的 Circular plot
- 附录 下载数据